Учет НДС реализован в соответствии с нормами гл. 21 НК РФ. Автоматизировано заполнение книги покупок и книги продаж, выставление корректировочных и исправительных счетов-фактур. Для целей учета НДС ведется раздельный учет операций, облагаемых НДС и не подлежащих налогообложению согласно ст. 149 НК РФ. Суммы НДС по расходам, которые не могут быть однозначно отнесены к деятельности, облагаемой или не облагаемой НДС, в соответствии со ст. 170 НК РФ могут быть распределены по операциям реализации, облагаемым НДС и освобожденным от уплаты НДС.